锦衣卫的前身是明太祖朱元璋设立的拱卫司，不久改称亲军都尉府。这时期锦衣卫主要是负责仪仗和护卫皇帝安全，并没有很大的权利。

明朝初期，政权相对稳定后朱元璋为加强皇权便着手改造这个不起眼的锦衣卫。锦衣卫渐渐拥有了逮捕和审判的权利。因胡惟庸大案时锦衣卫滥用职权，滥杀无辜，触犯众怒，朱元璋便派人毁了锦衣卫逼供的刑具并废除了锦衣卫。明成祖朱棣/"靖难/"成功后又恢复了锦衣卫（一说为寻找失踪的建文帝朱允炆），同时朱棣设立东厂和锦衣卫互相制衡。

明宪宗成化年间又设立西厂，西厂和内行厂存在时间不长，但和东厂、锦衣卫齐名，有/"逻卒四出，天下骚然/"之称。明末崇祯帝在东林党官员的谏言下曾废除过锦衣卫，不过马上又重新恢复。

提起锦衣卫世人想到的都是/"臭名昭著/"，/"恶贯满盈/"的字眼，历任锦衣卫指挥使仿佛都是负面形象。但锦衣卫在明朝确实做过许多贡献，首当其冲的就是可以为皇帝监护官员，逮捕官员，收集政务情报，甚至皇亲国戚也可以制约。万历朝鲜战役时部分锦衣卫被派遣到前线帮助明军侦探日军行动，收集日军军事情报，李自成入关之时也有一部分锦衣卫为拱卫京师壮烈殉国。

李自成围攻京师时锦衣卫殉国的代表人物是锦衣卫指挥同知李若琏，李若琏坚守崇文门，最后城破殉国。另一部分南逃或四散逃离。剩下的后来直接投靠了清朝。当时的锦衣卫指挥使是前任指挥使骆思恭的儿子骆养性，此人在崇祯自缢的前一年与清军交战时毫无一丝战绩却谎报大捷，诓骗崇祯帝。

崇祯自缢后骆养性转而投降于李自成，但李自成并没有善待他，在/"追饷/"时严刑拷打骆养性，逼其吐出三万两白银。李自成在一片石战役失败后慌忙西安，摄政王多尔衮率清军进入京师，骆养性便投降了清军。

清军入关定居京城后并没有离开废除锦衣卫，但锦衣卫的权利被瓦解，之后为銮仪卫，京城的锦衣卫消失于顺治二年。锦衣卫这项制度的真正灭亡是在十七年后，也就是永历帝被害的前一年，南明锦衣卫指挥使马吉翔跟随永历帝朱由榔/"西狩/"缅甸，时任缅甸王莽白诓骗永历帝和官员共同前往咒水盟誓，朱由榔派遣黔国公沐天波和大学士文安侯马吉翔率官员前往共同吃咒水盟誓，结果被缅军包围后杀害。

虽然马吉翔此人在历史上名声不好，留下一个贪财溜须的恶名，主要被指责的便是屡次把毫无主见的永历帝往火坑里带，甚至为了自身利益阻碍李定国接永历帝回国，但对待永历帝也算是忠心并没有投降或出卖永历，最后死的时候也不算窝囊。

自此，锦衣卫彻底退出历史的舞台。

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